Regionalna Dyrekcja Ochrony Środowiska w Szczecinie realizuje wiele projektów w zakresie obszarów Natura 2000 oraz zrównoważonego rozwoju dofinansowanych ze środków:

• Programu Operacyjnego Infrastruktura i Środowisko,
• Programu Operacyjnego Interreg IV A,
• Funduszu Life+,
• Narodowego Funduszu Ochrony Środowiska i Gospodarki Wodnej,
• Wojewódzkiego Funduszu Ochrony Środowiska i Gospodarki Wodnej,

a także uczestniczy w szkoleniach prowadzonych z projektów realizowanych w ramach:

• Programu Operacyjnego Kapitał Ludzki,
• Programu Operacyjnego Pomoc Techniczna.

Obecnie realizowane projekty:

• Czynna ochrona siedlisk włosieniczników i udrożnienie korytarza ekologicznego zlewni rzeki Drawy w Polsce (Life+)
• Budowa niebieskiego korytarza ekologicznego wzdłuż doliny rzeki Iny i jej dopływów (Life+),
• Budowa niebieskiego korytarza ekologicznego wzdłuż doliny rzeki Regi i jej dopływów (Life+),
• Doposażenie bazy edukacyjnej RDOŚ w Szczecinie (NFOŚiGW),
• Realizacja zadań ochrony czynnej ujętych w projektach zadań ochronnych dla obszarów Natura 2000 – PLH 320011 Wielki Bytyń, PLH 320047 Warnie Bagno oraz PLH 320036 Bagno i jezioro Ciemino (NFOŚiGW),
• POIS.05.03.00-00-186/09 Opracowanie planów zadań ochronnych dla obszarów Natura 2000 na obszarze Polski (POIS),
• Realizacja ochrony czynnej na obszarach chronionych województwa zachodniopomorskiego – etap III (WFOŚiGW).